Bereits in den vergangenen Spielzeiten wirkte Stephan Suschke als Regisseur sehr erfolgreich am Mainfranken Theater Würzburg. In der Spielzeit 2005/2006 stellte er sich mit den auch überregional sehr erfolgreichen Produktionen von Ödipus, Tyrann von Sophokles/Heiner Müller und der Oper Das Herz von Hans Pfitzner dem Würzburger Publikum vor. Hier inszenierte Suschke unter anderem Friedrich Schillers Maria Stuart,
Der Vampyr von Heinrich Marschner, Bertolt Brechts und Kurt Weills Die Dreigroschenoper, Agamemnon als ersten Teil von Aischylos’ Orestie, die Uraufführung der Oper Die andere Seite von Michael Obst und Heinrich von Kleists Die Hermannsschlacht. In der aktuellen Spielzeit 2012/2013 sind zwei weitere Regiearbeiten zu erleben: Mit Giuseppe Verdis Oper Macbeth feiert er am 14. Oktober 2012 Premiere und seine Inszenierung von William Shakespeares Drama König Lear beschließt die Spielzeit in der Sparte Schauspiel.
Suschke begann als Dramaturg und Regisseur am Theater Greifswald. Mit Heiner Müller verband ihn bis zu dessen Tod 1995 eine lange und intensive Zusammenarbeit. In dieser Zeit entstanden gemeinsame Produktionen unter anderem am Deutschen Theater in Berlin, am Berliner Ensemble sowie bei den Bayreuther Festspielen. Ab 1994 inszenierte Suschke erstmals selbst am Berliner Ensemble, an dem er von 1995 bis 1999 – dabei von 1997 bis 1999 als Künstlerischer Leiter – zur Theaterleitung gehörte. Seit 1999 arbeitete er als Freier Regisseur unter anderem am Théâtre National in Brüssel, den Schauspielhäusern in Cordobá (Argentinien), Saarbrücken, Neu Delhi (Indien), Dresden, Ulm, Melbourne (Australien) und Lübeck.