Daniel Huppert studierte Dirigieren und Violoncello sowie Musikwissenschaft und Germanistik in Weimar und Saarbrücken. 2010 gewann er den 2. Deutschen Operettenpreis für junge Dirigenten der Oper Leipzig und war Preisträger des Dirigentenwettbewerbs des MDR Sinfonieorchesters Leipzig. Bis Ende 2010 war er als „Assistant du chef d'orchestre“ an der Opéra national de Paris (Bastille) engagiert.
2011 gewann er den 1. Preis beim 5. Internationalen Witold Lutoslawski Wettbewerb für junge Dirigenten in Polen und die Goldmedaille des Verbandes polnischer Musiker und Künstler. Daniel Huppert war von 2009 bis 2011 Stipendiat des Dirigentenforums des Deutschen Musikrates.
Bereits diesen Sommer übernimmt Daniel Huppert die Musikalische Leitung der beliebten MeckProms-Sommerkonzerte, die die Mecklenburgische Staatskapelle Schwerin an sechs Terminen im Juli an ausgesucht schönen Orten in Mecklenburg-Vorpommern spielt.