Annette Weber studierte in Mainz Theater- und Musikwissenschaft, sammelte parallel Erfahrung als Regieassistentin und war bis 2004 am Badischen Staatstheater Karlsruhe als Spielleiterin ver-pflichtet. Im Anschluss daran war Annette Weber bis 2010 in der gleichen Funktion an der Staats-oper Unter den Linden Berlin engagiert. Dort gab sie auch szenischen Unterricht für die Mitglieder des Internationalen Opernstudios und erarbeitete im Rahmen des Musikkindergartens Berlin unter der Leitung von Daniel Barenboim »Karneval der Tiere« und »Die Zauberflöte«. Zwischen 2010 und 2016 arbeitete sie regelmässig mit Stefan Herheim in u. a. Berlin, Bayreuth und Salzburg zusammen. Von 2013 bis 2018 arbeitete sie als Referentin der Künstlerische Betriebsdirektion der Semperoper Dresden, wo sie für künstlerische Angelegenheiten und Besetzungen verantwortlich war.
Im Anschluss daran wechselte sie an die Staatsoper Hamburg. Sie tritt die Nachfolge von Michael Fichtenholz an, der das Haus zum Ende der Saison verlassen wird.