Seit September 2002 ist Seiji Ozawa Musikdirektor der Wiener Staatsoper, der er seit 19 Jahren verbunden ist. 1988 debütierte er am Pult der Wiener Staatsoper mit der russischen Neueinstudierung von "Eugen Onegin". Seither dirigierte er 163 Vorstellungen (darunter 16 verschiedene Opern, fünf Konzerte sowie "Die Zauberflöte für Kinder" in der Dekoration des Wiener Opernballs) am Haus am Ring und im Rahmen von Gastspielen der Wiener Staatsoper. Neben zahlreichen Neueinstudierungen und Wiederaufnahmen leitete Seiji Ozawa an der Wiener Staatsoper die Premieren "Ernani" (1998), "Jenůfa" (2002), "Jonny spielt auf" (2002), "Der fliegende Holländer" (2003), "Manon Lescaut" (2005) sowie die jüngste Staatsopernproduktion "Pique Dame" (Premiere am 28. Oktober 2007).