Mit Shakespeares »Julius Caesar« (u.a. mit Gerhard Olschewski, Michael Degen und Ulrich Tukur) gab er 1986 noch unter der Intendanz von Peter Zadek sein Debüt in Hamburg. Es folgten u.a. Inszenierungen von Goethes »Reineke Fuchs« (1987), »Unter dem Milchwald« von Dylan Thomas (1989) und Shakespeares »Hamlet« (1989 mit Ulrich Tukur in der Titelrolle).
Auch nach seiner Zeit am Deutschen Schauspielhaus prägte Michael Bogdanov das Hamburger Theaterleben. Er inszenierte weiter an Hamburger Bühnen wie dem Ohnsorg Theater und den Hamburger Kammerspielen.
