Nach Stationen in Ulm, Bremen und Berlin avancierte Hübner zu den bedeutendsten Intendanten des deutschen Nachkriegstheaters und galt als ein großer Wegbereiter für das moderne Theater in Deutschland. Hübners Bremer Intendantenzeit in den sechziger Jahren wird heute als eines der wichtigsten Kapitel des europäischen Theaters im vergangenen Jahrhundert angesehen.
Die Theaterwelt kennt Hübner vor allem als den Entdecker von Theatertalenten wie Peter Stein und Peter Zadek. Als Intendant des Ulmer Theaters gab er Ende der fünfziger Jahre Zadek die Chance für dessen erste wichtige Arbeiten in Deutschland.
Lange Jahre, von 1962 bis 1973 war Hübner Intendant in Bremen, wo er den "Bremer Stil" prägte. Dort setzte er auch wichtige Impulse für die Karrieren von Regisseuren wie Stein, Klaus Michael Grüber, Hans Neuenfels, Peter Palitzsch, Johann Kresnik, Johannes Schaaf und Rainer Werner Fassbinder sowie von Schauspielern wie Edith Clever, Bruno Ganz, Hannelore Hoger, Otto Sander, Jutta Lampe, Traugott Buhre und Vadim Glowna. Zu den Bühnenbildnern gehörten Wilfried Minks, Erich Wonder und Karl-Ernst Herrmann, zu den Musikern Komponisten wie Peer Raben. Hübner erneuerte auch das Tanztheater und die Oper und erweckte das Musical zu neuem Leben.
Der moderne "Bremer Stil" machte seinerzeit bundesweit Schlagzeilen und revolutionierte die deutschsprachige Theaterwelt. Durch Hübner politisierte sich die Bühne, er gab den Ansporn zur Erneuerung und zum Experimentieren. Natürlich erregten diese Neuerungen auch Anstoß bei Publikum und Politikern.
1973 wechselte Hübner an die Spitze der Freien Volksbühne Berlin, wo er einige der Bremer "Regie-Entdeckungen" und unter anderem auch Rudolf Noelte engagierte. 1986 wurde er in diesem Amt von Neuenfels abgelöst. Von da an arbeitete Hübner noch als freier Regisseur und Schauspieler und meldete sich auch immer wieder mit seinen Erfahrungen aus der langjährigen Theaterarbeit zu Wort. Im Jahr 2000 wurde Hübner mit dem Peter-Weiss-Preis der Stadt Bochum ausgezeichnet, als "ein Exempel für Streitkultur und Unbeugsamkeit gegenüber Politik und Öffentlichkeit". 2005 erhielt er den ITI-Preis zum Welttheatertag vom Internationalen Theater-Institut für sein Lebenswerk.
