Zoltán Peskó kam zu Beginn der Spielzeit 1996/97 zusammen mit Generalintendant Tobias Richter an den Rhein. Seine große internationale Erfahrung war vor allem beim Aufbau eines neuen Ensembles und der Entdeckung neuer junger Künstler gefragt. Unter Peskós musikalischer Leitung stand die Eröffnungsproduktion im Opernhaus Düsseldorf, Mozarts „Don Giovanni“, ebenso wie der erste Ballettabend mit zwei Choreographien des neuen Ballettdirektors Youri Vàmos zu Musik von Béla Bártok („Der holzgeschnitzte Prinz“ und „Der wunderbare Mandarin“).
Zu den Schwerpunkten seiner Arbeit in Düsseldorf und Duisburg zählten die großen Werke von Wolfgang Amadeus Mozart („Così fan tutte“ in der Inszenierung von Tobias Richter in der Spielzeit 1998/99), Giuseppe Verdi („La traviata“ und „Otello“) und Richard Wagner („Tristan und Isolde“). Darüber hinaus galt Zóltan Peskó als Spezialist für zeitgenössische Musik: „Bestens vernetzt und persönlich bekannt mit den wichtigsten Vertretern der zeitgenössischen Musikszene war ihm gerade die Musik des 20. Jahrhunderts ein besonderes Anliegen“, erinnert sich Tobias Richter. Im Opernhaus Düsseldorf dirigierte Peskó in der Saison 1997/98 die deutsche Erstaufführung von Giorgio Battistellis „Orchesterprobe“ in der Inszenierung von Chris Alexander.
Als zu Beginn der Spielzeit 1998/99 John Fiore das Amt des Generalmusikdirektors übernahm, blieb Zoltán Peskó der Deutschen Oper am Rhein als Gastdirigent verbunden. Tobias Richter, der noch 2011 als Intendant des Grand Théâtre de Genève mit ihm zusammenarbeitete, würdigt die große Leidenschaft und Neugier des engagierten Künstlers und sagt: „Die Erinnerung an einen großzügigen, gescheiten und liebenswerten Weggefährten wird mir immer lebendig bleiben.“