Ein Wiederaufbau war nach der fast vollständigen Zerstörung 1943 zunächst ganz und gar nicht wahrscheinlich. Der Haushalt des Freistaats war schon über die Erwartungen durch den Wiederaufbau des Residenztheaters beansprucht worden, Städteplaner sahen die Gelegenheit gekommen, verkehrstechnisch nutzbaren Raum in der Innenstadt zu schaffen. Mit der 1952 gegründeten und bis heute aktiven Bürgerinitiative „Freunde des Nationaltheaters e.V.“ konnte jedoch die Öffentlichkeit für den Wiederaufbau gewonnen und zu aktiver Mithilfe durch finanzielle Unterstützung angeregt werden.
1954 wurde ein Wettbewerb für einen Neubau ausgeschrieben. Eine Rekonstruktion des Nationaltheaters, wie nach der ersten Zerstörung 1823 unter der Bauleitung von Leo von Klenze nach den originalen Bauplänen, stand zunächst gar nicht zur Diskussion. Die Idee eines zeitgemäßen Opernhauses fand breite Unterstützung.
Am Ende, nach heftigen Diskussionen diverser Entwürfe, wurde dann aber doch nahezu die Rekonstruktion der Originalfassung von Karl von Fischer realisierbar, bereinigt von Veränderungen des Wiederaufbaus durch Leo von Klenze bzw. des späten 19. Jahrhunderts. Bei der Planung des Zuschauerraums wurden jedoch einige grundlegende Änderungen hinsichtlich der Grundmaße, Bühnenöffnung und weiterer technischer, der Sicherheit und Bequemlichkeit des Publikums dienenden Anlagen vorgenommen. Der endgültige Plan sah außerdem u.a. eine neue Zone zwischen Eingangstrakt und Zuschauerraum sowie den Bau einer Seitenbühne vor.
Mit einem Ehrenabend am 21. November 1963 wurde das Nationaltheater mit Richard Strauss' „Die Frau ohne Schatten“ zum dritten Mal eröffnet. Die ersten Künstler, die auf der neugebauten Bühne standen, waren u.a. Jess Thomas (Kaiser), Ingrid Bjoner (Kaiserin), Martha Mödl (Amme), Hans Hotter (Geisterbote), Dietrich Fischer-Dieskau (Barak, der Färber), Inge Borkh (sein Weib).
Mit einem weiteren Hausgott der Bayerischen Staatsoper wurde die erste öffentliche Festvorstellung begangen. Am 23. November öffnete sich der Vorhang für Wagners „Die Meistersinger von Nürnberg“. Hier sangen u.a. Otto Wiener (Hans Sachs), Hans Hotter (Veigt Pogner), Benno Kusche (Sixtus Beckmesser), Josef Metternich (Fritz Kothner), Jess Thomas (Walther von Stolzing), Claire Watson (Eva).
Die musikalische Leitung dieser beiden denkwürdigen Abende hatte Joseph Keilberth inne.
